קו המל"ט הוא הנתיב שהמל"ט עובר כשהוא טס באוויר. הצורה והכיוון של קו הרחפנים תלויים בדרך כלל בדרישות ובמטרות של משימת הטיסה. להלן כמה סוגי חוטי מזל"ט נפוצים:
קו טיסה ישר: המל"ט טס באוויר עם נתיב ישר, קו טיסה זה מתאים למשימות שצריכות להגיע במהירות למקום היעד כמו מדידות אוויר, צילום אוויר וכו'.
קו טיסה מעוקל: המל"ט טס בהתאם למסלול מעוקל שתוכנן מראש, המתאים למשימות הדורשות שליטה מדויקת בנתיב הטיסה, כגון חיפוש וחילוץ, סקר גיאולוגי וכו'.
קו טיסה מעגלי: המל"ט טס במסלול מעגלי בתוך אזור מסוים, וקו טיסה זה מתאים למשימות הדורשות ניטור או בדיקה מקיפה של אזור כמו אבטחה, סיור גבול וכו'.
קו שינוי גובה: כאשר המל"ט טס באוויר, הוא יכול לא רק להתקדם או להסתובב בכיוון האופקי, אלא גם לעלות או לרדת בכיוון האנכי. קו טיסה זה מתאים למצבים בהם יש לבצע משימות בגבהים שונים כגון תצפית מזג אוויר, סיור מגדלים וכו'.
בנוסף לסוגי קווי הרחפנים הנפוצים לעיל, ניתן גם לעצב קווי טיסה מותאמים אישית בהתאם לצרכים בפועל. בטיסה בפועל, בחירת קווי המל"טים צריכה להתחשב בגורמים כמו בטיחות נתיבי האוויר ויעילות הטיסה, ולעקוב אחר החוקים והתקנות הרלוונטיים. התכנון והשליטה בקו המל"טים יכולים להתבצע על ידי מערכות בקרת טיסה אוטומטיות או התקני שלט רחוק.
